De onderwerpen waarover de Onderwijsraad advies uitbrengt, worden jaarlijks in een werkprogramma vastgesteld door de minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen (zie rubriek Jaarverslagen en Werkprogramma's). Het werkprogramma wordt tegelijk met de Rijksbegroting op de derde dinsdag in september aan de Eerste en Tweede Kamer der Staten-Generaal aangeboden. De Kamer kan desgewenst ook adviesvragen aan het werkprogramma toevoegen.
Het werkprogramma geeft een globaal beeld van de onderwerpen waarover de raad in dat jaar advies zal uitbrengen. In de loop van het jaar worden de adviesvraag en de tijdsplanning verder gepreciseerd. Het komt voor dat adviesonderwerpen worden ingetrokken, of juist toegevoegd. De website van de Onderwijsraad geeft in dat geval de meest actuele informatie (zie de rubriek agenda).
De Onderwijsraad vergadert in de regel een à twee keer per maand. Alle adviezen worden plenair vastgesteld. De adviezen worden voorbereid in commissies, bestaande uit raadsleden, stafmedewerkers en eventueel externe deskundigen.
Voor de inbreng van praktijkkennis doet de raad in voorkomende gevallen een beroep op een ‘pool’ van onderwijsdeskundigen uit het primair, voortgezet, beroeps- en landbouwonderwijs. Daarnaast organiseert de raad hoorzittingen en seminars. Het komt ook voor dat de raad een opdracht voor een studie of onderzoek uitzet, ter onderbouwing van zijn adviezen. Deze studies worden in de regel door de Onderwijsraad zelf gepubliceerd (zie de rubriek publicaties / studies).