Deregulering, autonomie en schaalvergroting in het onderwijs hebben veel voordelen, maar ook een keerzijde. In 2004 bleek uit een onderzoek in opdracht van de raad dat er veel geld gaat naar bureaucratie in de instellingen. Maatregelen daartegen zijn: een rem op fusies en richtpunten voor kwaliteit.
In de jaren negentig ging in het onderwijs veel geld naar overleg, rapportages en (ander) papierwerk. De raad constateert dat in alle onderwijssectoren de bureaucratie zichtbaar is toegenomen, al zijn er verschillen. In de bve-sector zijn de kosten voor secundaire taken (in 2004) het hoogst: 39% van het totale budget. Op basis- en middelbare scholen is dit respectievelijk 11% en 12%.
Meer administratieve lasten door autonomievergroting
De door de overheid ingezette autonomievergroting en decentralisatie hebben, paradoxaal genoeg, de scholen opgezadeld met een grotere administratie- en verantwoordingslast. Het beleid om scholen minder regels op te leggen leidde niet tot minder landelijke beheerslasten. Integendeel, er is sprake van een toename die vooral voor rekening komt van uitvoerende instellingen als de onderwijsinspectie.
Schaalvergroting is ook een boosdoener
Daarnaast veroorzaken de instellingen zelf bureaucratie. Schaalvergroting - ooit bedoeld om scholen efficiënter te laten werken door te besparen op gebouwen en ondersteunend personeel - is een belangrijke boosdoener. Instellingen die te groot zijn hebben veel personeel dat niet voor de klas staat. Ze missen door een gebrek aan concurrentie de prikkel om beter te presteren. Schaalvergroting leidt eerst tot afname van de nettokosten per leerling, maar op een gegeven moment slaat het om in een toename.
Zet een rem op fusies en ontwerp richtpunten voor kwaliteit
Om bureaucratie tegen te gaan stelt de raad een rem voor op fusies, met name voor hogescholen en roc's. Een soort mededingingsautoriteit voor scholen moet ervoor waken dat regionale monopolies leiden tot misbruik van machtsposities. Daarnaast moet de overheid scholen prikkelen om een zo hoog mogelijke kwaliteit te bieden met het beschikbare budget. Dat kan door richtpunten op te stellen waarmee de instellingen zich aan elkaar kunnen meten. Verder moet elke beleidsmaatregel in de toekomst een kosten-batenanalyse bevatten: wegen de baten op tegen de administratieve lasten?

